کنترل کیفیت به مطالعه خطاهاي آزمایشگاهی و روش‌هاي تشخیص و به حداقل رساندن آن‌ها اختصاص دارد. لازم به ذکر است گزارش‌های آزمایشگاه تشخیص طبی بخش بسیار مهمی در مسیر تشخیص و درمان بیماران است و هر گزارش نادرست در این مسیر ممکن است به قیمت به خطر افتادن جان یک انسان تمام شود. به همین دلیل وظیفه آزمایشگاه ارائه اطلاعات دقیق تشخیصی به پزشک است. این اطلاعات دقیق با آموزش صحیح پرسنل، اجرای دقیق برنامه‌های کنترل کیفیت، استفاده از مواد و روش‌های دقیق و اتوماتیک حاصل می‌شود. هرچند به کارگیری روش‌های اتوماتیک در انجام آزمایش‌ها، منجر به افزایش بازدهی و کاهش خطا است اما همچنان وجود پرسنل کارآمد و مجرب جهت حصول نتیجه دقیق برای یک آزمایش ضروری است. بخش کنترل کیفیت، عملکرد اپراتوری را که درحال کار با دستگاه‌ها و آماده‌سازی نتایج آزمایش است، پایش کرده و خطاهای فاز انجام آزمایش را شناسایی می‌کند. برنامه‌های کنترل کیفیت در سطوح مختلف به افراد شاغل در آزمایشگاه آموزش داده می‌شود تا هر فرد نسبت به کنترل کیفیت آزمایش‌هایی که انجام می‌دهد، تسلط کامل داشته باشد. علاوه بر موضوع کنترل کیفیت در انجام آزمایش‌ها، در هر بخش دیگری از آزمایشگاه که امکان خطا وجود دارد باید برنامه کنترل کیفی نیز وجود داشته باشد و تنها میزان بسیار کم خطا که اهمیت بالینی نتایج آزمایشگاهی را تحت تاثیر قرار ندهد، از نظر سیستم کنترل کیفیت قابل قبول هستند. در نتیجه، در چرخه مراجعه بیمار به آزمایشگاه تا دریافت نتیجه، کلیه مراحل شامل نمونه‌گیري، انتقال نمونه، انجام آزمایش و ارائه جواب باید تحت نظارت سیستم کنترل کیفیت باشد و از این رو سه دسته متغیر به صورت زیر در سیستم کنترل کیفیت تعریف می‌شوند:

• متغیرهای پیش از آزمایش: درخواست آزمایش، آماده‌سازی بیمار، شناسایی بیمار، نمونه‌گیری، حمل و نقل، پردازش و آماده‌سازی نمونه، تقسیم نمونه‌ها و لیست کاری. 
• متغیرهای حین انجام آزمایش: روش آزمایش، استانداردها، کالیبراسیون، ثبت روش‌ها و دستورالعمل‌ها، کنترل معرف‌ها و تجهیزات. 
• متغیرهای پس از انجام آزمایش: وارد کردن پاسخ‌ها، بایگانی پاسخ‌ها، کنترل کیفیت آزمایش، روش‌های آماری و نمودارهای کنترلی و ضبط و بایگانی آن‌ها.